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宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序,以分析微生物群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离培养的过程,扩展了微生物资源的利用空间,为微生物的研究提供了有效工具。

服务优势

● 检测精度高,可检测单个碱基差异;信息更全面,对高低丰度的物种基因都能发现
● 通量高,周期快,单次测序针对样本中所有物种
● 提供全面的抗生素因子分析,可根据客户需求提供定制化分析

项目流程

生物信息学分析项目

测序类型基本分析高级分析
宏基因组测序1、 数据质量评估及QC
2、 去除宿主序列
3、 基因组组装
4、 基因预测
5、 样品间非冗余基因分析
6、 非冗余基因集丰度计算
7、 基因功能注释
    7.1 KEGG生物通路富集分析
    7.2 碳水化合物活性酶(CAZyme)注释
    7.3 抗生素抗性基因(ARDB)注释
    7.4 eggNOG功能注释
8、 物种组成分析
    8.1 物种注释及丰度统计
    8.2 Rank-Abundance曲线分析
    8.3 Specaccum物种累积曲线分析
    8.4 多样品物种丰度聚类图
9、 Beta多样性分析
    9.1 样品间距离计算
    9.2 样品间UPGMA聚类分析
    9.3 样品间主成份分析(PCA分析,>=10个样品)
    9.4 样品间主坐标分析(PCoA分析,>=10个样品)
    9.5 非度量多维尺度分析(NMDS)
1、 单样本多级物种组成图
2、 ANOSIM组间相似性分析
3、 MRPP组间相似性分析
4、 物种轶和检验差异分析
5、 RDA/CCA相关分析
6、 物种LEfSe差异分析
7、 STAMP差异分析
7.1 两组样本Welch’s t-test分析
7.2 两个样本Fisher’s exact test分析
7.3 多组样本ANOVA

常见问题

1. 宏基因组测序的样品制备有什么要求?

宏基因组测序需提供样品量≥3g、样品浓度≥30ng/μl的DNA样品,无蛋白质、RNA或肉眼可见污染。需提供凝胶电泳图,要求凝胶电泳图显示主带明显可辨。

2. 相比于单个个体的研究,宏基因组测序有哪些优势?

微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中,它们的很多特性是基于整个群落环境及个体间的相互影响的,因此宏基因组研究比做单个个体的研究更能发现其特性;宏基因组研究无需分离单个细菌,适用于研究那些不能被实验室分离培养的微生物。

3. 16S rDNA测序和宏基因组de novo测序有什么不同?

16S rDNA测序是针对细菌核糖体小亚基的特定高变区进行PCR扩增,反映物种的进化关系及群落多样性。宏基因组de novo测序测定整个环境中所有微生物的基因组,不仅可以反映物种进化关系及群落多样性,还可以分析物种组成、功能注释等,相比16S rDNA可分析的层面更广泛更全面,成本也较高。

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